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El museo incluye piezas que datan de períodos prehistóricos de hasta el griego y romano excavaciones de la ciudad y de otros lugares de Sicilia.

La planta baja está dividida en 3 sectores (ABC), mientras que el edificio principal (Zona 1) está dedicado a la historia del museo y se presentan brevemente los materiales expuestos en los distintos sectores.

La Zona A, dedicado a la prehistoria (paleolítico superior Edad de Hierro), con una exposición de rocas y fósiles demuestran que las diversas formas de animales en el Cuaternario. Es precedido por una sección que muestra las características geológicas del Mediterráneo y la zona de Iblea.

En la zona B, dedicado a las colonias griegas en Sicilia período de dórico y jónico, se puede identificar la ubicación de las colonias griegas en Sicilia y su ciudad de origen. También están expuestos: una estatua de mármol de Kouros acefala de Leontinoi (Lentini), de fecha a principios de siglo V aC Las conclusiones de Doric colonia de Megara Hyblaea, estatuas votivas de Deméter y Kore y un Gorgone, una cabeza de Augusto de Centuripe. También está expuesta la Venus Anadiomene también conocida como Venus Landolina dall'archeologo que descubrió en Siracusa en 1804, se define maravilloso "para el modelo de excelencia, el exquisito tratamiento de desnudos, increíble animación y la morbilidad" de Bernabò Brea.

En la zona C se exponen los resultados de sub-colonias de Siracusa: Akrai (664 aC), Kasmenai (644 aC), camarina (598 aC), Eloro. También los resultados de otras ciudades del este de Sicilia y Gela y Agrigento.

El sector D, el lugar en la primera planta, fue inaugurada en 2006 y contiene piezas que datan de helenístico-romana. Dentro se encuentran algunas de las más famosas exposiciones del museo: la Venus Landolina y Sarcófago de Adelfia, así como una selección de monedas de Gabinete numismático plaza Duomo.